У меня именно так и происходило, пару раз перепрошил заново - не помогло. Помогло ковыряние в Мишен Планер - расширеные настройки, управление режимом газа ( точнее уже не вспомню, отдал Ардупилот хозяину)
- - - Добавлено - - -
Было такое, и даже при загрузке маршрута с компа. После этого стал загружать пустой маршрут ( ни одной полетной точки), потом отключать питание, потом загружать новый маршрут - сбоев не было. Была другая неприятность - при полете по точкам ( и при возврате домой) радиус разворота модели достаточно большой - модель вдруг начинает кружить вокруг точки и не может ее" завершить" - промахивается мимо точки. Попробовал поднастроить радиус облета и размер " коридора" - не особо помогает. Потом словил " морковку" на возврате домой - модель в ремонт, Ардупилот вернулся к хозяину.